Mit der Bekanntgabe einer Nachfolgeversion der F27 wurde im Novemver 1983 auch eine neue Version des Stammbaums der Fellowship-Airliner bekanntgegeben.

Als Vorlage für das neue Flugzeug mit der Bezeichnung Fokker 100 diente die Fokker 28 Mk4000. Erkennungsmerkmale der Fokker 100 sind die modernen Rolls-Royce Tay Turbofan-Triebwerke, ein wesentlich längerer Rumpf und neu konstruierte Tragflächen. Weitere Erneuerungen sind ein modernes Glas-Cockpit und eine neue Inneneinrichtung. An der Produktion der Focker 100 waren auch viele andere Firmen, wie z.B. Airbus, Shorts, Grumman, Rolls-Royce und Dowty Rotol beiteiligt. Ein weiterer Lieferant war IPTN, die aus Indonesien Bauteile lieferte. Für die Flugversuche wurden zwei verschieden Typen verwendet, die erste (PH-MKH) startete am 30. November 1986 zu ihrem Erstflug, gefolgt von der zweiten Maschine, (PH-MKC) die am 25. Februar 1987 startete .

Nachdem die F100 mit Tay 620-15 ihre Musterzulassung im November 1987 erhielt, wurden die ersten Maschinen im Februar 1988 an Swissair ausgeliefert. Die Version mit dem Tay 650 wurde im Juli 1989 zugelassen und im selben Monat an US Air ausgeliefert. Im Sommer 1991 hatte Fokker insgesamt 232 Bestellungen für die F100 erhalten und bereits 70 Maschinen ausgeliefert.

Ab 1993 konnte die Reichweite um 450km gesteigert werden, indem die Abflugmasse auf 45.819 kg erhöht und ein neuer Tank im Tragflügelmittelstück eingebaut wurde.