Anfang der sechziger Jahre begann man bei Yakolew mit der Entwicklung eines neuen Modells, dass die Zubringerdienste der Lisunow Li-2 (sowjetische DC-3 Version) übernehmen sollte.

Das neue Modell sollte von unbefestigten Flugplätzen (wie etwa Graslandeplätzen) aus starten können und erhielte deshalb einen niedrig belasteten Tragflügel und zur Sicherheit drei, statt nur zwei Triebwerke.

Die mit einer Einbautreppe ausgestattete Tür und das bordeigenen Aggregat (APU) zur Klimatisierung der Kabine und zum Anlassen der drei Triebwerke machen die Yak-40 unabhängig von Bodengeräten an Flugplätzen.
Die Yak-40 ist von der Auslegung her ein Tiefdecker, der sein Bugradfahrwerk einziehen kann und dessen Triebwerke sich am Heck befinden.

Mit einer Länge von 20 Metern kann die Yak-40 bis zu 32 Passagiere und 3 Besatzungsmitglieder aufnehmen.

Am 21. Oktober 1966 fand der Erstflug des ersten der insgesamt fünf Prototypen statt.
Am 30. September 1968 wurde die trotz der drei Triebwerke viel zu schwach motorisierte Yak-40 in den Liniendienst der Aeroflot eingeführt.

Die Produktion der Yak-40 lief nach über 800 gebauten Maschinen 1976 aus. Sie wird noch bei einigen Fluggesellschaften wie Moldavian Airlines, Albanian Airlines und Kyrghyzstan Airlines sowie bei dem Militär (NATO-Codenamen "Codling") wie z.B. der Czech Air Force eingestzt.