Bei Saab dachte man erstmals im Jahre 1985 über ein größeres Nachfolgemodell der Saab 340 nach. Der für bis zu 58 Passagiere entwickelte Turpoprop sollte auf Routen von bis zu 1.800 km zu einer ernstzunehmenden Konkurrenz für Regionaljets werden.

Das Flugzeug hat eine Reisegeschwindigkeit von bis zu 660 km/h und wurde für ungefähr 90 minütige Flüge optimiert. Aufgrund der wesentliche höheren Steiggeschwindigkeit im Vergleich zu Regionaljets braucht die Saab 2000 bei wesentlich geringerem Treibstoffverbrauch nur unwesentlich länger für die meisten Strecken im Commuterverkehr. Diese Vorteile wurden u.a. mit Hilfe der Allison AE 2100 Triebwerken und den neuen Tragflügeln erreicht.
Für das neue Flügelkonzept konnte man erneut Fairchild als Partner gewinnen, die auch schon bei der S 340 erfolgreich beteiligt waren. Fairchild nutzte seine guten Kontake zu der NASA und mit deren Hilfe wurde ein dünnerer Flügel entworfen, der exakt auf die Geschwindigkeitsbereiche der Saab 2000 ausgelegt ist.
Unter Beibehaltung der Flügelstreckung wurde die Flügeltiefe und Spanweite erhöht, wodurch sich eine um 33% größere Flügelfläche ergibt.

Der Kabinendurchmesser der Saab 2000 ist genauso groß wie der des Vorgängers Saab 340. Doch wurde das Cockpit, die Avionik und die Kabine komplett neu designed. In die langgestreckte Kabine baute man (im Gegensatz zur S 340) Staufächer für das Handgepäck ein und man schuf mehr Platz für die Bordküche.
Die Saab 2000 ist auch in der Kabine ein sehr leises Flugzeug. Um die Geräuschkulisse so klein wie möglich zu halten, wurden die beiden Triebwerke im Vergleich zur Saab 340 weiter nach außen am Flügel montiert und mit langsam drehenden Sechsblatt-Propellern ausgestattet.
In die Kabine wurde ein Active Noise Controll-System eingebaut (ANC). Das ANC ermittelt mit Hilfe von Mikrofonen in der Kabine die jeweilige Lärmfrequenz und strahlt eine mit Hilfe eines Mikroprozessors ermittelte phasenverschobene Gegenfrequenz über Lautsprecher in der Kabinendecke aus. Durch diesen "Gegenton" können vorallem die Niederfrequenz-Propellergeräusche vermindert werden. So wird insgesamt eine Lärmreduzierung von bis zu 80% erreicht.

Als Erstkunde trat Crossair im Jahre 1988 mit 25 festen Bestellungen und 25 weiteren Optionen auf und ermöglichte somit den Produktionsstart im Mai 1989. Die Fertigung des ersten Prototyps begann im Februar 1990. Für zahlreiche Belastungsversuche wurden zwei Bruchzellen gebaut.
Der Erstflug des ersten Prototyps 001 fand am 26.03.1992 statt. Während der Flugerprobung traten Probleme mit der mechanisch angetriebenen Höhensteuerung (Mechanical Elevator Control System, MECS) auf. Man entwickelte daraufhin die neue Fly-by-wire Steuerung (Powered Elevator Control System, PECS), mit der später alle fünf Prototypen nachträglich ausgestattet wurden. Die Flugerprobung wurden im Juli 1994 abgeschlossen.
Die erste Serienmaschine (Werksnummer 006) konnte dann am 30.08.1994 mit rund einem Jahr Verspätung unter der Registrierung HB-IZC an die Crossair ausgeliefert werden.